El Centro de Investigación en Salud Dr. Hugo Mendoza (CIS-HM) es el brazo operativo de la política de investigación del Hospital Pediátrico Dr. Hugo Mendoza, adscrito al Servicio Nacional de Salud. El hospital tiene acuerdos de cooperación con el INTEC y la UASD para desarrollar actividades conjuntas en el ámbito de investigación biomédica. El centro promueve la investigación, el conocimiento científico y el desarrollo tecnológico, así como también la docencia y la formación.

El centro de investigación fue creado en el 2019 como parte del desarrollo del Plan Estratégico Institucional 2015-2019 del hospital. Está compuesto por dos Grupos de investigación con profesionales acreditados. Además, su plantilla investigadora se integra en redes y consorcios internacionales, colaborando actualmente con cinco países (España. Estados Unidos, Alemania, Polonia y Perú). La Política de investigación del Hospital Pediátrico Dr. Hugo Mendoza establece las directrices generales del centro y evidencia el compromiso con la generación de nuevos conocimientos que permitan contribuir a la salud de niños, niñas y adolescentes.